Het gebruik van clomifeen is ook in verband gebracht met het ontstaan van kanker aan de eierstokken. Tot op heden is er geen aangetoond bewijs voor een dergelijke relatie. Wel is bekend dat vrouwen die geen kinderen hebben gekregen en die altijd cyclusproblemen hebben gehad waarvoor ze medicijnen hebben gebruikt, een iets verhoogde kans hebben op eierstokkanker. Dit licht verhoogde risico zou ook veroorzaakt kunnen worden door de stoornis aan de eierstokken zelf in plaats van het gebruik van de medicijnen. Een relatie tussen onvruchtbaarheid en een verhoogde kans op eierstokkanker was al bekend voordat deze medicijnen beschikbaar kwamen. Het blijft echter verstandig om deze medicijnen niet onnodig lang te gebruiken.
zie verder o.a. http://www.kinderwens.nl/therapyOptions/DrugTherapy/OvulationInductionTherapy/ClomophineCitrate/index.asp?C=71438411216871759259:
