GEZELLIGE FEESTDAGEN
&
EEN PRACHTIG NIEUW JAAR

- Stand van zaken

19 december 2014

Ha, wat fijn dat mijn blog nog steeds bezoekers trekt!
Inmiddels is er weer heel wat tijd verstreken sinds ik mijn laatste chemo op 12 augustus kreeg.
Van de bijverschijnselen zoals neuropathie in mijn voeten heb ik nog zeker last en mijn energieniveau is laag (schildpadtempo, regelmatig middagtukken en 's avonds rond 21 uur naar bed) maar ik heb op dit moment geen fysieke klachten en mentaal gaat het uitstekend...
Dat laatste misschien wel omdat ik geen controles laat uitvoeren en niet in het ziekenhuis kom. Heel prettig! De illusie van patient-af zijn geeft mij levenskracht en levenslust. Als mis ik bij vlagen mijn werk, veel dagen hebben toch nog een gouden randje, simpelweg omdat ik elke ochtend zo dankbaar en blij ben dat ik nog leef.
Door deze geesteshouding houd ik mij momenteel ook niet zo bezig met nieuwe ontwikkelingen en behandelingen e.d. Bij een recidief is het vroeg genoeg om daarin te duiken.

Discipline is het kernwoord. Discipline om goed te blijven eten, groentensappen te persen, te wandelen, genoeg rust te nemen.
Daarnaast gebruik ik homeopathische middelen en supplementen. Elke drie maanden ga ik naar een natuurgeneeskundig therapeut. Elke drie weken neem ik deel aan een soort van reflectiemiddag.
Voor de rest leef ik een rustig fijn gezellig leven en hoop ik het beste.
Mijn eigen haartjes heb ik ook weer terug, heerlijk!

In het kader van Pluk De Dag besloot ik in oktober dat we onze droomreis naar Myanmar moesten maken aangezien ik min of meer klachtenvrij was. In november waren wij daar drie weken en het was in een woord: G E W E L D I G !!!

- Stand van zaken

7 september 2014 - Zware bloedarmoede na chemokuren

Bij teruglezing van voorgaande berichten valt het me op hoe geserreerd ik mijn situatie formuleer en hoe weinig ik toon van mijn verdriet. Een bewuste keuze wellicht? Ik heb er wel degelijk heel veel gedachten over... die ik gelukkig wel voluit deel met dierbaren. Want wat heb ik een lieverds om me heen en wat word ik verwend!

Inmiddels heb ik op 12 augustus de 6de en laatste chemokuur van deze cyclus, horend bij dit tweede recidief, gekregen. De bijwerkingen worden elke keer erger, zo ook mijn bloedarmoede. Nog steeds heb ik last van gevoelloze vingertoppen en voorvoeten, van hevige kortademigheid. Omdat ik niet goed kan lopen en nog slechter staan, fiets ik zo veel mogelijk om in ieder geval weer wat aan spierkracht op te bouwen. Tussendoor moet ik vaak afstappen en ben ik duizelig. Maar gelukkig zijn er genoeg leuke terrasjes en bankjes om op bij te komen...

Belangrijkste info: de chemo is aangeslagen en de tumoren in mijn lymfeklieren zijn geslonken. Of ze helemaal weg zijn, zullen we nooit weten omdat de ct- scan geen tumoren detecteert die kleiner zijn dan 1,5 cm. De tumormarker CA125 is gelukkig ook gedaald en geeft nu de waarde kleiner dan 5 aan.

Met de oncoloog dr. Stouthard hebben Rutger en ik op 3 september het vervolgtraject besproken:

1)  de bloedarmoede moet worden aangepakt omdat ik anders te zwak blijf en kwetsbaar mbt mijn immuniteit; als de waarden op 29 september niet zijn verbeterd, lijkt bloedtransfusie helaas een noodzakelijkheid. Mijn lichaam maakt geen nieuwe bloedcellen aan.
2)  mijn lichaam kan so wie so binnen 6 maanden geen chemo of operatie aan omdat ik dan het loodje leg. Meting van de CA125 in die periode is dan ook niet zinvol, tenzij
3)  ik binnen 6 maanden lichamelijke klachten krijg die wijzen op een recidief; dan laat ik wel de CA125 controleren, gevolgd door een ct-scan.
4)  bij een recidief binnen 6 maanden zal ik een andere chemo samenstelling moeten krijgen met alle nog naardere bijwerkingen vandien en zal mijn levensverwachting nog korter zijn.
5)  gezien het bovenstaande is het dus zaak zo veel mogelijk van het leven te genieten zo lang ik me redelijk goed voel!
6)  de vervolgafspraak bij het AVL is gepland op 6 maart 2015 bij mijn behandelend gynaecoloog-oncoloog dr Willemien van Driel.
7)  voor vragen kan ik altijd tussentijds bellen met dr Stouthard.
8)  de kanker zit in mijn lijf verspreid en zal zich vroeg of laat weer aandienen. Dat zijn we ons helaas al jaren al te goed bewust, maar het blijft confronterend en verdrietig om te horen.

Naast het medische gedeelte is het zaak mijn eigen verantwoordelijkheid weer te nemen en bewust te eten, mijn complementaire behandelingen met ozon en vitamine C infusen te vervolgen etc.
Ook hoort daarbij het dagelijks tijdnemen voor spirituele en mentale oefeningen. Die hebben mij drie jaar  geleden ook enorm geholpen. En bij de diagnose van mijn recidief heb ik dat alles weer los gelaten omdat ik mijn einde weer naderbij zag .... Maar zo ver is het gelukkig nog niet!!!!


P.S.
Met enige regelmaat krijg ik mooie priveberichten per mail van lotgenotes of andere betrokkenen.
Is het een idee om deze voortaan in het reactiegedeelte van dit blog te plaatsen zodat andere lezers er dan ook profijt van kunnen hebben?

- Stand van zaken

14 juli 2014 - Even een korte update

Na mijn operatie hoopte ik natuurlijk voorlopig weer off the hook te zijn voor een lange periode. Het tegendeel helaas was waar; bij de nacontrole van mijn operatie (miltverwijdering) op 6 maart hoorde ik dat er op de ct-scan uitzaaiingen in de lymfeklieren te zien waren. Mijn CA125 waarde was 56.
Geen chemo zou een levensduur van 6-12 maanden betekenen. Een operatie was niet aan de orde, andere behandelingen bestaan niet, dus geen andere keus dan de chemo: 6 behandelingen met de combinatie carboplatin/paclitaxel, precies zoals ik in 2011 had gekregen.
Inmiddels heb ik vier kuren gehad en daalt de tumormarker (laatste meting: 8).
Op een hevige allergische reactie na tijdens de toediening van de derde kuur, de gebruikelijke misselijkheid in de dagen na toediening en een verminderd energieniveau, gaat het redelijk tot goed met mij en probeer ik een zo normaal mogelijk leven te leiden...

- Stand van zaken

20 februari 2014  -  Voortschrijdend inzicht: toch nu chemotherapie nemen?

Na mijn operatie was het advies van de AVL-werkgroep: geen chemo. Dat was ook mijn expliciete wens en hoop geweest; ik zou dan weer een tijd behandeling-vrij kunnen zijn, was mijn visie.
Maar denkend over mijn toekomst, over de samen met mijn arts te bepalen frequentie en wijze van vervolgcontroles (CA125, CT-scan), werd ik zeer onrustig van de gedachte dat er nu elders in mijn buik nog niet detecteerbare celdeling plaats vindt, die zich over een paar maanden plotseling en misschien wel fataal manifesteert... Dus waarom niet die cellen nu aangepakt en stil te leggen met chemotherapie? Natuurlijk weet ik wat de nadelen zijn, zowel van chemo, als van het nu nemen. Maar toch. Ik heb gebeld met de verpleegkundige oncologie die met mijn arts gaat overleggen. Ook heb ik aangegeven een andere internist hierover te willen spreken. Wordt vervolgd.


12 februari 2014  -  Studiecentrum PB is weer open

Niet dat ik al volledig bed-af ben of 100% hersteld, maar het gaat de goede kant op.
Dus dient de onvermijdelijke vraag zich aan: hoe te leven in de fase waarin ik nu verkeer? Hoe mijn leven in te vullen?
Voor mij is het vanzelfsprekend een deel van mijn tijd nog steeds als medisch student te besteden. Ik lees over zelfheling, nieuwe medicijnen, bestudeer clinical trials, kruiden, etc. Ik blijf op zoek naar levensverlengende mogelijkheden.
Vandaag ben ik te rade gegaan bij een chinese arts in Amsterdam, heb ik mij geregistreerd als belangstellende voor experimentele medicijnen op de website www.myTomorrows.com, gisteren heb ik een zeer verrassend gesprek gehad bij Wim Huppes in Hilversum, www.stichtingruigerus.com

- Kanker eerder ontdekt met nanovloeistof Radboudumc

Dankzij een nieuwe techniek kan kanker in een eerder stadium worden ontdekt

Met behulp van nanovloeistof kunnen uitzaaiingen vanaf twee millimeter groot in lymfeklieren zichtbaar worden gemaakt. In het prostaatcentrum van het Radboudumc in Nijmegen is voor het eerst een patiënt met deze techniek behandeld.

Het ziekenhuis bezit alle rechten van de vloeistof en kan twaalf patiënten per maand behandelen. Voor artsen van andere ziekenhuizen wordt een opleidingsprogramma opgesteld.
De nanovloeistof zorgt ervoor dat uitzaaiingen oplichten op een scan. Daardoor kunnen artsen kanker gerichter behandelen. Dit bespaart patiënten operaties en geeft ze betere genezingskansen, zegt onderzoeker en radioloog Jelle Barentsz op de site van het ziekenhuis.

Acht millimeter

Zonder de vloeistof wordt met mri-scans maar zeventig procent van de uitzaaiingen kleiner dan acht millimeter gevonden. Ze worden ook bij veertig procent van de patiënten bij kijkoperaties gemist. Daardoor lopen mensen langer rond met uitzaaiingen, zonder dat ze het zelf weten.
De nanovloeistof bestaat uit kleine ijzerdeeltjes, die door een arts in een ader van de arm worden gespoten. Na 24 uur komt de patiënt terug voor een mri-scan.

Andere kankersoorten

Aan het onderzoek deden patiënten met prostaatkanker mee. De methode werkt ook bij andere kankersoorten, zoals borstkanker. Voorlopig richt het ziekenhuis zich nog op patiënten met terugkerende prostaatkanker of een verhoogd risico op uitzaaiingen in de lymfeklieren.

- BCM Researcher Finds Disagreement between miRNA Tools Used to Predict Ovarian Cancer Survival

miRNA and ovarian cancer‘It’s all in the technique,” researchers are finding at Baylor College of Medicine in Houston, Texas. Dr. Matthew L. Anderson, assistant professor of obstetrics and gynecology at Baylor, led a study that used either Agilent microarrays or miRNA Next Generation Sequencing (miRNA-Seq) and data from the Cancer Genome Atlas (TCGA) on the same miRNA specimens from ovarian cancer patients and found two very different results. The microarrays identified 61 miRNAs associated with survival in 469 of the specimens, but miRNA-Seq found only 12. The overlap of the two methods was a single miRNA sequence associated with survival.

“The choice of tools in genomic profiling can make a difference in the answers at which you arrive,” said Dr. Anderson. The researchers conducting the study were careful to correct for potential issues inherent to signal detection algorithms, but corrections for false discovery and miRNA abundance made no difference in interpreting the results.
These findings might seem alarming. After all, “if you have a reliable tool for profiling, the picture should look the same or at least similar” when using the same samples, stated Dr. Anderson. “For microRNAs in ovarian cancer, it doesn’t.”  But this does not discredit gene sequencing shown to be successful in making predictions about cancer patients. Said Dr. Anderson, “This discrepancy appears to be something specific to microRNAs, as other data dealing with genes and other genetic material are more consistent.”
Dr. Zhandong Liu, another co-author and professor at Baylor and a member of the Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute at Texas Children’s Hospital, hypothesized that the discrepancy occurs because miRNAs are short sequences, and tools (microarrays) that are designed to work on long sequences (DNA) are less accurate on short sequences. “The impact of this could be important,” said Liu. “MicroRNAs are believed to be key drivers for cancer. This could have an important impact on similar studies. For now, I would urge caution in interpreting the microRNA data.”
Funding for this work came from the Partnership for Baylor College of Medicine; the Collaborative Advances in Biomedical Computing Seed Funding Program at the Ken Kennedy Institute for Information Technology at Rice University supported by the John and Ann Doerr Fund for Computational Biomedicine and through the Center for Computational and Integrative Biomedical Research Seed Funding Program at Baylor College of Medicine; the National Science Foundation (Grant DMS-1209017 and DMS-1263932) and the Houston Bioinformatics Endowment.

- Stand van zaken

30 januari: Aan het herstellen van de operatie
Na een gelukte operatie (tumoren bleken beperkt tot milt, geen zichtbare uitzaaiingen) gevolgd door een bijzonder spannend weekend door plotseling opkomende koorts en een longontsteking (...) die adequaat werd getemperd door antibiotica, werden in de loop van maandag 20/1 alle drains, katheter en epiduraal verwijderd. Op donderdag 24/1 naar huis. En daar word ik nu al weer een week koninklijk verzorgd en vertroeteld door zusje, man en gezellige bezoekers. Veel in bed en af en toe een frisse neus. Meer is het niet, want dan krijg ik buikpijn.
Voorlopig geen chemo. Controle afspraak in het AVL op 6 maart. Tot die tijd rustig herstellen en conditie opbouwen. Het beste van dit al: ik leef in ieder geval nog! Want hoeveel keren kun je afscheid nemen en je voorbereiden op de dood?


13 januari: Bijna!
Afgelopen donderdag telefonisch de bevestiging voor 17/1 doorgekregen. Gezien mijn enorme verkoudheid van afgelopen 1,5 week was dat uitstel een geluk bij een ongeluk. Hoewel nog hoesterig en snotterig, loop ik weer elke dag buiten om te genieten van de frisse lucht.

Op 9/1 besloten om via de huisarts mijn tumormarker, de CA125, te laten meten: 28. Waarbij de doktersassistente blij uitriep: goed zo, onder de normaalwaarde! En dat met minimaal twee tumoren in mijn lijf... Goedbedoeld maar oer stom.

's Nachts droom ik van de operatie. Verder ben ik er bijna helemaal klaar voor. Mijn bureau raakt leger, ik zelf raak een beetje uit gecommuniceerd en verlang naar stilte en rust. Vooral verlang ik naar de periode na de operatie. Om mijn eigen leven weer op te pakken.

Rutger neemt de honneurs en communicatie waar, zusje is beschikbaar voor ondersteuning, liefde en zorg en dan moet ik nu doen waarin ik zo slecht ben: loslaten!

3 januari: Herziene planning operatie

Gisteren een mail ontvangen van het AVL dat ik sta ingepland voor 17 januari. We'll see. 
De gedachte om geheel van de operatie af te zien schiet mij dikwijls te binnen.
Dit afwachten in onzekerheid sinds 5 december vind ik geen kwaliteit van leven. Ik leef in grote onvrijheid daardoor. Gelukkig houden de vele fijne momenten thuis en met familie en vrienden mij op de been.

- UT Health Science Center San Antonio Researcher Receives Grant to Fight Ovarian Cancer

http://bionews-tx.com/news/2014/01/27/ut-health-science-center-san-antonio-researcher-receives-grant-to-fight-ovarian-cancer/

Currently an immunologist at the UT Health Science Center, Dr. Tyler Curiel has received a $900,00 grant from the Ovarian Cancer Research Foundation in support for her research. Curiel’s group will develop a multi-modal immune therapy for ovarian cancer using approaches in three key areas: first, they will reduce immune impediments to effective ovarian cancer immunotherapy; the team will then block molecular mechanisms that drive tumor growth and inhibit anti-tumor immunity; finally, they use new-generation adoptive T cell (a type of lymphocyte that plays a central role in cell-mediated immunity) transfers.
Curiel is also a professor at the Health Science Center’s School of Medicine. He has won a separate grant has been selected to participate in an ambitious multimillion-dollar international effort to develop a new drug that could be used to fight an array of cancers.

His current program has three highly integrated and interactive projects, led by four ovarian cancer thought leaders, who will work to identify optimal approaches in these three key areas and means to combine them for maximal clinical effects.
“Our program will allow development of a major grant to test approaches clinically, first in resistant cancers, and later in relapse prevention and as treatment after failure of front-line therapy,” Curiel said.

- Integrated analysis of germline and somatic variants in ovarian cancer

http://www.nature.com/ncomms/2014/140122/ncomms4156/full/ncomms4156.html
:


  • Krishna L. Kanchi,
  • Kimberly J. Johnson,
  • Charles Lu,
  • Michael D. McLellan,
  • Mark D. M. Leiserson,
  • Michael C. Wendl,
  • Qunyuan Zhang,
  • Daniel C. Koboldt,
  • Mingchao Xie,
  • Cyriac Kandoth,
  • Joshua F. McMichael,
  • Matthew A. Wyczalkowski,
  • David E. Larson,
  • Heather K. Schmidt,
  • Christopher A. Miller,
  • Robert S. Fulton,
  • Paul T. Spellman,
  • Elaine R. Mardis,
  • Todd E. Druley,
  • Timothy A. Graubert
  • Nature Communications
     
    5,
     
    Article number:
     
    3156
     
    doi:10.1038/ncomms4156
    Received
     
    Accepted
     
    Published
     

    Abstract



    We report the first large-scale exome-wide analysis of the combined germline–somatic landscape in ovarian cancer. Here we analyse germline and somatic alterations in 429 ovarian carcinoma cases and 557 controls. We identify 3,635 high confidence, rare truncation and 22,953 missense variants with predicted functional impact. We find germline truncation variants and large deletions across Fanconi pathway genes in 20% of cases. Enrichment of rare truncations is shown in BRCA1BRCA2 and PALB2. In addition, we observe germline truncation variants in genes not previously associated with ovarian cancer susceptibility (NF1MAP3K4CDKN2B and MLL3). Evidence for loss of heterozygosity was found in 100 and 76% of cases with germline BRCA1 and BRCA2truncations, respectively. Germline–somatic interaction analysis combined with extensive bioinformatics annotation identifies 222 candidate functional germline truncation and missense variants, including two pathogenic BRCA1 and 1 TP53 deleterious variants. Finally, integrated analyses of germline and somatic variants identify significantly altered pathways, including the Fanconi, MAPK and MLL pathways.

    At a glance

    Figures

    left
    1. Overview of the integrated analysis of germline and somatic variants in 429 TCGA serous ovarian cases.
      Figure 1
    2. Germline copy-number variants in BRCA1.
      Figure 2
    3. Lolliplots showing the distribution of germline truncation variants and somatic mutations.
      Figure 3
    4. LOH analysis in tumour samples.
      Figure 4
    5. Significant pathways and subnetworks in ovarian cancer.
      Figure 5
    right

    References



    1. Howlader N.et al. (eds).SEER Cancer Statistics Review 1975–2010 (National Cancer Institute, Bethesda, MD, 2013) http://seer.cancer.gov/csr/1975_2010/ , based on November 2012 SEER data submission, posted to the SEER web site, April 2013.
    2. Weissman, S. M.Weiss, S. M. & Newlin, A. C. Genetic testing by cancer site: ovaryCancer J. 18320327 (2012).
    3. Walsh, T. et al. Mutations in 12 genes for inherited ovarian, fallopian tube, and peritoneal carcinoma identified by massively parallel sequencingProc. Natl Acad. Sci. USA 108,1803218037 (2011).
    4. Cancer Genome Atlas Research Network. Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma.Nature 474609615 (2011).
    5. Dees, N. D. et al. MuSiC: Identifying mutational significance in cancer genomesGenome Res. 2215891598 (2012).
    6. Li, H. et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtoolsBioinformatics 25,20782079 (2009).
    7. Koboldt, D. C. et al. VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencingGenome Res 22568576 (2012).
    8. McKenna, A. et al. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing dataGenome Res. 2012971303 (2010).
    9. Futreal, P. A. et al. A census of human cancer genesNat. Rev. Cancer 4177183 (2004).
    10. Gonzalez-Perez, A. & Lopez-Bigas, N. Improving the assessment of the outcome of nonsynonymous SNVs with a consensus deleteriousness score, CondelAm. J. Hum. Genet.88440449 (2011).
    11. Morgenthaler, S. & Thilly, W. G. A strategy to discover genes that carry multi-allelic or mono-allelic risk for common diseases: a cohort allelic sums test (CAST)Mutat. Res. 6152856(2007).
    12. Kandoth, C. et al. Integrated genomic characterization of endometrial carcinomaNature 497,6773 (2013).
    13. Ding, L. et al. Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinomaNature 455,10691075 (2008).
    14. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathwaysNature 45510611068 (2008).
    15. Thompson, E. R. et al. Exome sequencing identifies rare deleterious mutations in DNA repair genes FANCC and BLM as potential breast cancer susceptibility allelesPLoS Genet. 8,e1002894 (2012).
    16. Thomas, G. et al. A multistage genome-wide association study in breast cancer identifies two new risk alleles at 1p11.2 and 14q24.1 (RAD51L1)Nat. Genet. 41579584 (2009).
    17. Wickramanyake, A. et al. Loss of function germline mutations in RAD51D in women with ovarian carcinomaGynecol. Oncol. 127552555 (2012).
    18. Catucci, I. et al. Germline mutations in BRIP1 and PALB2 in Jewish high cancer risk families.Fam. Cancer 11483491 (2012).
    19. Seminog, O. O. & Goldacre, M. J. Risk of benign tumours of nervous system, and of malignant neoplasms, in people with neurofibromatosis: population-based record-linkage studyBr. J. Cancer 108193198 (2013).
    20. Thol, F. et al. Prognostic significance of ASXL1 mutations in patients with myelodysplastic syndromesJ. Clin. Oncol. 2924992506 (2011).
    21. Carbuccia, N. et al. Mutations of ASXL1 gene in myeloproliferative neoplasmsLeukemia 23,21832186 (2009).
    22. Schnittger, S. et al. ASXL1 exon 12 mutations are frequent in AML with intermediate risk karyotype and are independently associated with an adverse outcomeLeukemia 278291(2013).
    23. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinomaNature 4994349 (2013).
    24. Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular portraits of human breast tumours.Nature 4906170 (2012).
    25. Ellis, M. J. et al. Whole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibitionNature 486353360 (2012).
    26. Patnaik, M. M. et al. Mayo prognostic model for WHO-defined chronic myelomonocytic leukemia: ASXL1 and spliceosome component mutations and outcomesLeukemia 27,15041510 (2013).
    27. Mian, S. A. et al. Spliceosome mutations exhibit specific associations with epigenetic modifiers and proto-oncogenes mutated in myelodysplastic syndromeHaematologica 9810581066(2013).
    28. Metzeler, K. H. et al. TET2 mutations improve the new European LeukemiaNet risk classification of acute myeloid leukemia: a Cancer and Leukemia Group B studyJ. Clin. Oncol. 2913731381 (2011).
    29. Penzel, R. et al. EGFR mutation detection in NSCLC--assessment of diagnostic application and recommendations of the German Panel for Mutation Testing in NSCLCVirchows Arch.4589598 (2011).
    30. Fearnhead, N. S.Wilding, J. L. & Bodmer, W. F. Genetics of colorectal cancer: hereditary aspects and overview of colorectal tumorigenesisBr. Med. Bull. 642743 (2002).
    31. Szabo, C.Masiello, A.Ryan, J. F. & Brody, L. C. The breast cancer information core: database design, structure, and scopeHum. Mutat. 16123131 (2000).
    32. Easton, D. F. et al. A systematic genetic assessment of 1,433 sequence variants of unknown clinical significance in the BRCA1 and BRCA2 breast cancer-predisposition genesAm. J. Hum. Genet. 81873883 (2007).
    33. National Human Genome Research Institute. Breast Cancer Information Core, An Open Access On-Line Breast Cancer Mutation Data Base, Vol 2013.http://research.nhgri.nih.gov/bic/ (accessed 16 May 2013).
    34. Offit, K. et al. Rare variants of ATM and risk for Hodgkin's disease and radiation-associated breast cancersClin. Cancer Res. 838133819 (2002).
    35. Hellebrand, H. et al. Germline mutations in the PALB2 gene are population specific and occur with low frequencies in familial breast cancerHum. Mutat. 32E2176E2188 (2011).
    36. Wang, X. D. et al. Mutations in the hedgehog pathway genes SMO and PTCH1 in human gastric tumorsPLoS One 8e54415 (2013).
    37. Jozwiak, J.Jozwiak, S.Grzela, T. & Lazarczyk, M. Positive and negative regulation of TSC2 activity and its effects on downstream effectors of the mTOR pathwayNeuromol. Med. 7,287296 (2005).
    38. Nellist, M. et al. Distinct effects of single amino-acid changes to tuberin on the function of the tuberin–hamartin complexEur. J. Hum. Genet. 135968 (2004).
    39. Rath, M. G. et al. Prevalence of germline TP53 mutations in HER2+ breast cancer patients.Breast Cancer Res. Treat. 139193198 (2013).
    40. Wendl, M. C. et al. PathScan: a tool for discerning mutational significance in groups of putative cancer genesBioinformatics 2715951602 (2011).
    41. Vandin, F.Upfal, E. & Raphael, B. J. De novo discovery of mutated driver pathways in cancerGenome Res. 22375385 (2012).
    42. Thirman, M. J. et al. Rearrangement of the MLL gene in acute lymphoblastic and acute myeloid leukemias with 11q23 chromosomal translocationsN. Engl. J. Med. 329909914(1993).
    43. Duns, G. et al. Histone methyltransferase gene SETD2 is a novel tumor suppressor gene in clear cell renal cell carcinomaCancer Res. 7042874291 (2010).
    44. Kandoth, C. et al. Mutational landscape and significance across 12 major cancer types.Nature 502333339 (2013).
    45. Barroso, E. et al. FANCD2 associated with sporadic breast cancer riskCarcinogenesis 27,19301937 (2006).
    46. Seminog, O. O. & Goldacre, M. J. Risk of benign tumours of nervous system, and of malignant neoplasms, in people with neurofibromatosis: population-based record-linkage studyBr. J. Cancer 108193198 (2013).
    47. Golmard, L. et al. Germline mutation in the RAD51B gene confers predisposition to breast cancerBMC Cancer 13484 (2013).
    48. Wickramanyake, A. et al. Loss of function germline mutations in RAD51D in women with ovarian carcinomaGynecol. Oncol. 127552555 (2012).
    49. Solyom, S. et al. Screening for large genomic rearrangements in the FANCA gene reveals extensive deletion in a Finnish breast cancer familyCancer Lett. 302113118 (2011).
    50. Durocher, F. et al. Mutation analysis and characterization of ATR sequence variants in breast cancer cases from high-risk French Canadian breast/ovarian cancer familiesBMC Cancer 6,230 (2006).
    51. Pennington, K. P. & Swisher, E. M. Hereditary ovarian cancer: beyond the usual suspects.Gynecol. Oncol. 124347353 (2012).
    52. Rzepecka, I. K. et al. High frequency of allelic loss at the BRCA1 locus in ovarian cancers: clinicopathologic and molecular associationsCancer Genet. 20594100 (2012).
    53. Easton, D. F. et al. Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility lociNature 44710871093 (2007).
    54. Abecasis, G. R. et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes.Nature 4915665 (2012).
    55. Hays, J. et al. The Women's Health Initiative recruitment methods and resultsAnn. Epidemiol.13S18S77 (2003).
    56. Li, H. & Durbin, R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform.Bioinformatics 2517541760 (2009).
    57. Koboldt, D. C. et al. VarScan 2: Somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencingGenome Res. 22568576 (2012).
    58. McKenna, A. et al. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing dataGenome Res. 2012971303 (2010).
    59. McLaren, W. et al. Deriving the consequences of genomic variants with the Ensembl API and SNP Effect PredictorBioinformatics 2620692070 (2010).
    60. Thorvaldsdottir, H.Robinson, J. T. & Mesirov, J. P. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and explorationBrief Bioinform. 14178192(2012).
    61. Chen, K. et al. PolyScan: an automatic indel and SNP detection approach to the analysis of human resequencing dataGenome Res. 17659666 (2007).
    62. Nickerson, D. A.Tobe, V. O. & Taylor, S. L. PolyPhred: automating the detection and genotyping of single nucleotide substitutions using fluorescence-based resequencing.Nucleic Acids Res. 2527452751 (1997).
    63. Ng, P. C. & Henikoff, S. SIFT: Predicting amino acid changes that affect protein function.Nucleic Acids Res. 3138123814 (2003).
    64. Nakken, S.Alseth, I. & Rognes, T. Computational prediction of the effects of non-synonymous single nucleotide polymorphisms in human DNA repair genesNeuroscience14512731279 (2007).
    65. Vandin, F.Upfal, E. & Raphael, B. J. Algorithms for detecting significantly mutated pathways in cancerJ. Comput. Biol. 18507522 (2011).
    66. Adzhubei, I. A. et al. A method and server for predicting damaging missense mutationsNat. Methods 7248249 (2010).
    67. Fokkema, I. F. et al. LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databasesHum. Mutat.32557563 (2011).
    68. Stenson, P. D. et al. The Human Gene Mutation Database: building a comprehensive mutation repository for clinical and molecular genetics, diagnostic testing and personalized genomic medicineHum. Genet http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24077912 (2013).

    Author information



    1. These authors contributed equally to this work

      • Krishna L. Kanchi, 
      • Kimberly J. Johnson & 
      • Charles Lu

    Affiliations

    1. The Genome Institute, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Krishna L. Kanchi,
      •  
      • Kimberly J. Johnson,
      •  
      • Charles Lu,
      •  
      • Michael D. McLellan,
      •  
      • Michael C. Wendl,
      • Qunyuan Zhang,
      •  
      • Daniel C. Koboldt,
      •  
      • Mingchao Xie,
      •  
      • Cyriac Kandoth,
      •  
      • Joshua F. McMichael,
      •  
      • Matthew A. Wyczalkowski,
      •  
      • David E. Larson,
      •  
      • Heather K. Schmidt,
      •  
      • Christopher A. Miller,
      •  
      • Robert S. Fulton,
      • Elaine R. Mardis,
      •  
      • Richard K. Wilson &
      •  
      • Li Ding
    2. Brown School, Washington University, St. Louis, Missouri 63130, USA

      • Kimberly J. Johnson
    3. Oregon Health and Science University, Portland, Oregon 97239, USA

      • Kimberly J. Johnson &
      •  
      • Paul T. Spellman
    4. Department of Computer Science, Brown University, Providence, Rhode Island 02912, USA

      • Mark D. M. Leiserson &
      •  
      • Benjamin J. Raphael
    5. Department of Genetics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Michael C. Wendl,
      •  
      • Qunyuan Zhang,
      •  
      • David E. Larson,
      •  
      • Robert S. Fulton,
      •  
      • Elaine R. Mardis,
      •  
      • Todd E. Druley,
      •  
      • Richard K. Wilson &
      •  
      • Li Ding
    6. Department of Mathematics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Michael C. Wendl
    7. Siteman Cancer Center, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Elaine R. Mardis,
      •  
      • Timothy A. Graubert,
      •  
      • Richard K. Wilson &
      •  
      • Li Ding
    8. Department of Pediatrics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Todd E. Druley
    9. Department of Medicine, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

      • Timothy A. Graubert &
      •  
      • Li Ding
    10. The Ohio State University Comprehensive Cancer Center, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA

      • Paul J. Goodfellow

    Contributions

    L.D. and R.K.W. jointly supervised research. L.D., K.L.K., K.J.J., C.L., M.D.M., M.D.M.L., C.K., M.A.W., J.F.M., D.C.K., C.A.M., P.T.S. and B.J.R. analysed the data. M.C.W. and Q.Z. performed statistical analysis. K.L.K., C.L., J.F.M., M.D.M., M.A.W. and L.D. prepared figures and tables. R.S.F. performed experiments. E.R.M. and D.E.L. contributed analysis tools. L.D., K.J.J., T.A.G., P.J.G., T.E.D. and B.J.R conceived and designed the experiments. L.D. and K.J.J. wrote the manuscript. K.L.K., K.J.J., C.L. and M.D.M. contributed equally but due to restrictions on the number of first authors only K.L.K., K.J.J. and C.L. are denoted as such.

    Competing financial interests

    The authors declare no competing financial interests.

    Corresponding author

    Correspondence to: 

    Supplementary information



    PDF files

    1. Supplementary Figures and Tables (660 KB)
      Supplementary Figures S1-S5 and Supplementary Tables S1-S5

    Excel files

    1. Supplementary Data 1 (39 KB)
      Clinical Information For 557 WHI Cases
    2. Supplementary Data 2 (21 KB)
      429 TCGA Ovarian Cases Data Types and Clinical Information
    3. Supplementary Data 3 (3,642 KB)
      Somatic Mutations in 429 TCGA Ovarian cases
    4. Supplementary Data 4 (466 KB)
      All 3,635 high confidence, rare (<1% population variant allele frequency) germline truncations including 115 validated germline truncations in cancer
    5. Supplementary Data 5 (9 KB)
      Validated Truncation Variants in Cancer Genes
    6. Supplementary Data 6 (2,691 KB)
      All 22,953 missense variants (<1% population variant allele frequency), predicted to be functional by Condel in 387 Caucasians
    7. Supplementary Data 7 (575 KB)
      All truncation variants (<1% population variant allele frequency), in 557 Caucasians
    8. Supplementary Data 8 (2,434 KB)
      All 30335 missense variants (<1% population variant allele frequency), predicted to be functional by Condel in 557 Caucasians
    9. Supplementary Data 9 (331 KB)
      Burden Analysis results for the Missense variants
    10. Supplementary Data 10 (16 KB)
      Burden Analysis Results for the Missense and Truncation Variants in Cancer Genes
    11. Supplementary Data 11 (13 KB)
      Germline truncation and missense within close proximity (5 amino acid) to COSMIC/OMIM variants
    12. Supplementary Data 12 (67 KB)
      Germline truncations display LOH in corresponding tumor
    13. Supplementary Data 13 (14 KB)
      Germline missense variants in cancer genes display LOH in corresponding tumor
    14. Supplementary Data 14 (21 KB)
      High confidence, functional truncation and missense variants identified by integrated approaches
    15. Supplementary Data 15 (21 KB)
      Significant pathways identified by PathScan using germline truncations and somatic mutations
    16. Supplementary Data 16 (8 KB)
      Four significant subnetworks identified by HotNet using germline truncations and somatic mutations (P = 0.17)
    17. Supplementary Data 17 (17 KB)
      672 cancer genes
    18. Supplementary Data 18 (36 KB)
      Validated Missense Variants using 11 Whole Genome Sequencing BAMs
    19. Supplementary Data 19 (12 KB)
      Primers for TCGA Germline Validation using 3730 sequencing platform
    20. Supplementary Data 20 (49 KB)
      Primers for TCGA Germline Validation using miseq